Toàn tỉnh hiện có 2.769 ha nuôi trồng thủy sản, có 8.830 lồng cá, sản lượng thủy sản năm 2021 đạt 8.550 tấn. Ngành Nông nghiệp và PTNT đang đẩy mạnh ứng dụng công nghệ sinh học trong chọn lọc đàn cá bố mẹ; áp dụng công nghệ sản xuất cá giống bằng phương pháp vuốt đẻ và ấp trứng bằng bình vây; ứng dụng phương pháp lai xa hoặc sử dụng hóa chất để tạo giống đơn tính trong sản xuất cá giống.

Mô hình nuôi cá lồng trên lòng hồ thủy điện Sơn La của HTX thủy sản Ban Xa, xã Liệp Tè, huyện Thuận Châu.

Bên cạnh đó còn ứng dụng và mở rộng diện tích nuôi cá thâm canh, nuôi lồng, bè có sử dụng thức ăn công nghiệp đối với một số giống cá chính, như: Chép, trôi, trắm cỏ, rô phi đơn tính, diêu hồng, lăng, tầm...