Chương trình đề ra các chỉ tiêu trong chăm sóc, bảo vệ và quản lý sức khỏe học sinh trong trường học như: 80% trường học bảo đảm các điều kiện thực hiện công tác y tế trường học, chăm sóc sức khỏe học sinh theo quy định; 75% trường học cung cấp đủ nước uống và nước sạch cho sinh hoạt, hoạt động trong trường học bảo đảm chất lượng... 80% trường học bố trí ít nhất một khu vực bảo đảm các trang thiết bị, dụng cụ cần thiết dành cho giáo dục thể chất và hoạt động thể thao theo quy định; 100% trường học có tổ chức bữa ăn học đường và căng-tin trường học bảo đảm các điều kiện về vệ sinh, an toàn thực phẩm theo quy định…

Một trong các nhiệm vụ, giải pháp quan trọng của Chương trình là bổ sung, nâng cấp cơ sở vật chất, trang thiết bị trong trường học. Cụ thể, bố trí cơ sở vật chất, trang thiết bị, dụng cụ, thuốc, vật tư y tế nhằm bảo đảm đủ điều kiện triển khai hiệu quả công tác sức khỏe học đường và đáp ứng yêu cầu phòng, chống dịch bệnh theo quy định; bố trí cơ sở vật chất, trang thiết bị, dụng cụ phục vụ công tác giáo dục thể chất, hoạt động thể thao trường học, tổ chức bữa ăn học đường chất lượng, an toàn, đúng quy định. Ưu tiên và đẩy mạnh việc hoàn thiện cơ sở vật chất, bố trí trang thiết bị để bảo đảm điều kiện dạy và học, nâng cao chất lượng công tác sức khỏe học đường. Tăng cường và nâng cao chất lượng nguồn nhân lực...

Kinh phí thực hiện các nhiệm vụ thuộc Chương trình từ nguồn ngân sách nhà nước theo quy định của Luật Ngân sách nhà nước và phù hợp với khả năng cân đối của ngân sách nhà nước; nguồn tài trợ, hỗ trợ của các tổ chức, cá nhân trong và ngoài nước, nguồn thu hợp pháp của các trường học theo quy định.